L'équipe del Centro è costituita da un direttore medico, che è affiancato da tre medici capoclinica e da due impiegate amministrative.

La Direzione amministra il Centro, vigilando e coordinando le attività secondo lo scopo indicato nell'atto di Costituzione della Fondazione. Effettua un controllo sulla qualità degli elaborati peritali e garantisce che gli stessi vengano consegnati entro due mesi dall'assegnazione del mandato, per contribuire a ridurre i tempi di attesa degli assicurati.

La collaborazione con l'Ufficio AI del Canton Ticino è retta da una specifica  convenzione. Essa regola i rapporti tra le due istituzioni e stabilisce, tra le altre cose, il numero minimo di perizie da effettuare, i criteri di remunerazione ed i tempi di consegna degli elaborati.

La collaborazione con altri assicuratori può seguire il tariffario ordinario Tarmed o essere retta da convenzione specifica.

Il Centro riceve periodicamente tutte le perizie psichiatriche monodisciplinari richieste dall'Ufficio AI del Canton Ticino e le assegna ai periti interni ed esterni, in giusta proporzione, con equità e compatibilmente con le disponibilità di ciascuno.